Ekstrakurikuler Wajib: PRAMUKA
Ekstrakurikuler ini wajib diikuti oleh semua siswa dan siswi SD Bonaventura. Waktu kegiatan dilkakukan pada jam sekolah atau intrakurikuler.
Ekstrakurikuler Pilihan
Ekstrakurikuler Pilihan adalah ekstrakurikuler yang bebas dipilih siswa sesuai bakat dan minatnya. Setiap siswa wajib memilih minimal satu ekstrakurikuler pilihan ini.
Bulu Tangkis
Ekskur yang mengembangkan olah badan dan melatih gerak motorik kasar anak, melatih daya tahan dan daya juang anak dalam permainan.
Futsal
Ekskur yang tidak hanya melatih tubuh namun juga mengembangkan kerjasama tim dan kekompakkan diantara anggota tim.
Catur
Ekskur ini melatih anak untuk berpikir secara strategis, melatih konsentrasi anak, bagaimana menganalisa masalah yang ada dihadapannya.
Cerita Bergambar
Ekskur ini tidak hanya diperuntukkan bagi anak yang memiliki talenta menggambar, namun juga bagi anak yang tertarik dengan cerita bergambar.
Paduan Suara
Ekskur yang kerap memenangi perlombaan Paduan Suara siswa SD. menjaring potensi-potensi terpendam siswa-siswi SD Bonaventura Sentani.
Ekstrakurikuler Khusus
Ekstrakurikuler Khusus adalah ekstrakurikuler yang diikuti siswa siswi pilihan (dengan seleksi) dari setiap kelas yang memiliki kemampuan istimewa dalam bidang Matematika dan atau IPA.
Kelas Matematika
Kelas minat khusus mata pelajaran Matematika, yang wajib mengikuti test seleksi sebelumnya.
Kelas IPA
Kelas minat khusus mata pelajaran IPA, yang wajib mengikuti test seleksi sebelumnya.