Awal Berdiri
SD YPPK Bonaventura yang sekarang terletak di Jl. Raya Kemiri, Sentani, awal berdiri berada di Jl. Airport 18, Sentani (Sekarang Jl. Bandara No. 18) menempati sebagian ruang paroki/pastoran. SD Bonaventura berdiri atas permintaan umat Paroki Sang Penebus, Sentani kepada Pastor Paroki pada waktu itu P. Gabriel Maing, OFM. Penggalangan dana dan segala persiapan dilakukan dan 16 Juli 1997 berdirilah Sekolah Dasar tersebut yang dibidani oleh beliau. SD Bonaventura menerima 40 orang murid sebagai angkatan pertama kelas awal (Kelas 1). Perwalian kelas awal diserahkan pada Bp. Gabriel dan Bp. Theodorus Montolalu sebagai Guru Agama Katolik, sedang Ibu Fransiska Romana Partini menjadi Kepala Sekolah, sambil beliau tetap mengajar di SD Negeri Abeale. Dalam perjalanan waktu sebagai sebuah institusi membutuhkan pengakuan secara kedinasan demi stabilitas dan kontinuitas. Segala hal dipersiapkan untuk itu hingga SK Pendirian Sekolah terbit pada tahun 1998. Sehingga SD Bonaventura secara yuridis diakui sebagai institusi pendidikan yang turut serta mencerdaskan anak bangsa dengan SK Pendirian sekolah 397/I18.F/PD/1998 Tanggal pendirian sekolah 14 Januari 1998.
Perkembangan Sekolah
Animo masyarakat atas berdirinya sekolah tersebut membuat lokasi di Jl. Bandara tidak lagi dapat menampung murid pada kelas baru atau kelas berikutnya maka mulailah disiapkan lokasi baru yakni di Jl. Raya Kemiri, Sentani yang berjarak tak jauh dari Jl. Bandara. Tepat pada Tahun Yubelium yakni tahun 2000, SD Bonaventura pindah ke Jl. Raya Kemiri dan menetap hingga hari ini. Saat ini SD Bonaventura memiliki 15 kelas, yakni tiga paralel kelas I, tiga paralel kelas II, tiga paralel kelas III, dan masing-masing 2 paralel untuk kelas IV-VI.
SD Bonaventura dan Yayasan yang menaungi
Perkembangan waktu dan jaman tidak lagi memungkinkan SD Bonaventura bergerak sendiri. SD Bonaventura membutuhkan naungan Yayasan untuk pengelolaan secara profesional institusi tersebut. Tidak berselang lama setelah berpindah di Jl. Raya Kemiri pihak terkait melakukan proses persiapan untuk bergabung dalam Yayasan Pendidikan dan Persekolahan Katolik St. Fransisikus Assisi. Yayasan Pendidikan dan Persekolahan Katolik tersebut telah ada jauh sebelum SD Bonaventura berdiri yakni tahun 1933 di wilayah selatan yakni Merauke dan Jayapura, sedang wilayah Keerom tahun 1938. Yayasan Pendidikan dan Persekolahan Katolik St. Fransiskus Assisi secara legal yuridis mendapat pengakuan pemerintah melalui Akta Notaris pada tanggal 22 Agustus 1974. SD Bonaventura sebagai Sekolah Katolik di Keuskupan Jayapura menggabungkan diri di bawah naungan yayasan tersebut. Sejak bernaung di bawah yayasan tersebut nama resmi sekolah menjadi SD YPPK Bonaventura sebagai nomenklatur sekolah. SD YPPK Bonaventura berada di bawah naungan YPPK St. Fransiskus Assisi dalam wilayah Kabupaten/Kota Jayapura dengan pusat kelola ada di kota Jayapura.
Tahun 1997 – 2004
Tahun 2004 – 2014
Tahun 2014 – 2019
Tahun 2019 – sekarang
60300267
Swasta
397/I18.F/PD/1998
1998-01-14
163/BAP-SM/TU/X 2016
28-11-2016
Belum Bersertifikat